PT Prima Multi Terminal untuk mendukung kegiatan operasional perusahaan dalam aspek pelayanan, keamanan, K3, dan pengelolaan lingkungan hidup sudah menerapkan standarisasi terhadap aspek-aspek penting tersebut. Pada 15 Mei 2019, PT Prima Multi Terminal mendapatkan sertifikat SOCPF (Statement of Compliance of a Port Facility) yang diterbitkan oleh Direktorat Jenderal Perhubungan Laut RI sebagai tanda penerapan ISPS Code (International Code for the Security of Ships and Port Facilities) guna menjaga keamanan kapal dan fasilitas Pelabuhan.

Sebagai upaya untuk menciptakan operational excellence yang terintegrasi, dimulai pada akhir 2019 PT Prima Multi Terminal menerapkan standar manajemen mutu, manajemen lingkungan, dan manajemen K3 yang tersertifikasi ISO 9001:2015, 14001:2015, dan 45001:2018 untuk aspek tersebut pada tanggal 15 April 2020. Untuk memenuhi kewajiban yang tercantum pada Undang-Undang No.1 Tahun 1970 tentang Keselamatan Kerja dan Peraturan Pemerintah No. 50 Tahun 2012 tentang Penerapan Sistem Manajemen K3, pada tanggal 10 sd 12 April 2019 telah dilakukan audit penerapan SMK3 64 Kriteria pada PT Prima Multi Terminal dengan nilai 87,5%. Sertifikat Penghargaan Sistem Manajemen K3 diperoleh pada 17 September 2020 yang diberikan oleh Menteri Ketenagakerjaan RI.